从原则上来讲，预防接种的效果应该是不得病，从几十年的预防接种的实践来看，许多传染病也都得到有效控制。现在的孩子得麻疹、百日咳、小儿脊髓灰质炎等疾病的已非常少见。因此，从总体上来说接种疫苗后应该不得病。
有极少数例外，接种疫苗仍得病。这可能与所接种的疫苗和被接种的对象两方面有关。预防接种的原理是将已经死亡或衰弱的特定病毒或细菌注射入体内，使身体认得它们并激活防卫系统，从而产生出专门的抗体和免疫细胞，来对抗未来这些病毒或细菌可能引起的疾病。如果人体所接种疫苗因剂量不足、注射方式不正确，达不到使身体产生出足够的抗体或免疫细胞时，就不能有效对抗这些病毒或细菌的入侵。例如水痘疫苗的接种应在上臂外侧三角肌附着处用消毒剂消毒，待干后皮下注射疫苗0.5毫升。有的医生在注射疫苗时针刺的太深，注射到了肌肉里或是剂量太低，影响了预防效果从而未达到目的。又如，小儿麻痹糖丸应用清洁的汤勺将糖丸研碎，然后溶于冷开水中服用，如用热开水溶化或混入其他饮料中服用，就会将疫苗中的病毒杀死，影响免疫效果。疫苗储藏不正确，使其失去了应有的活力，也会使免疫效果大打折扣。小儿麻痹糖丸的保存适宜温度是8℃以下，所以在气温超过8℃时，应从冷藏箱中拿出来后立即口服，时间长了就失去了作用。
有些疫苗的接种需要多次完成，这样才能达到真正不得病的目的，这就是所谓“加强免疫”。1岁之前预防结核病、脊髓灰质炎、百日咳、白喉、破伤风、麻疹等传染病所接种“四苗“，应在婴儿第一年内完成，使小儿体内对这6种病产生特异性抗体，但它在体内只能维持一段时间，体内抗体浓度会降低，此时应再接种1-2次，通过再次接种再次刺激机体产生抗体，使抗体维持在足以抵抗病原体的较高水平上。如果半途而废，机体仍会得病。
所有的疫苗接种都可能会有缺点，疫苗并非百分之百地保护每一个接种的人、也不能完全对抗同一族谱中的所有细菌。同时，对疫苗过敏的人也不适合使用。
