2周后症状
当出现这些类似感冒的症状约持续2周以后，病人会受到百日咳菌分泌的外毒素刺激的影响，导致咳嗽渐渐加剧。接着会现一些严重的咳嗽症状，譬如阵发性咳嗽，也就是常会出现连续不断的激烈咳嗽。
阵发性的咳嗽会持续到咳出浓痰才会暂时停歇。在阵发性咳嗽的阶段，病人常会因长长地吸一口气而发出呜音，咳完之后也常常伴随着呕吐。阵发性咳嗽、吸入性哮声以及咳嗽后呕吐，是百日咳的典型症状。
小于3个月婴儿的症状
婴幼儿常会在阵发性咳嗽开始之前就先出现烦躁不安的情形，而小于3个月的婴儿则一般不会出现典型的吸入性哮声，而多以呼吸暂停为症状表现。
成年人症状
成年人同样也不会出现吸入性哮声，而且症状相当不典型，通常只会呼吸不顺畅、头痛以及不停地咳嗽。因此，在临床上，咳嗽后呕吐成为成年人以及青少年是否感染百日咳的重要依据。
