抗生素是唯一可以用来治疗肺炎球菌感染的方法，而且目前也有很多可以选择的抗生素品种。但由于长期以来的抗生素滥用，肺炎球菌对抗生素的耐药性日趋严重。据北京、上海和广州三地2000—2002年呼吸道感染儿童肺炎球菌耐药的流行病学监测结果显示：肺炎球菌菌株对青霉素耐药率逐年增高，对第二代头孢菌素类耐药率也有所上升，对大环内酯类的耐药率高达80%%以上。有88.7%%临床分离的肺炎球菌具有多重耐药性。
目前，肺炎球菌疾病的治疗难度越来越大、费用越来越高，治疗的周期也越来越长，这主要是因为细菌的耐药性越来越强。对此，专家指出对于肺炎球菌性疾病预防胜于治疗。如等到孩子发病后再依靠药物治疗，将会使孩子和家人承受更多身体、精神和经济上的折磨。
接种疫苗——— 积极预防胜过治疗
肺炎球菌实际上是可通过疫苗来预防的疾病。疫苗的机理就是将少量没有毒性的细菌体注入人体，使身体产生对抗这种细菌的免疫力，但又不会致病。当日后遇到相应有毒性的细菌时，就能通过靠疫苗产生的免疫力对抗这种细菌，从而避免生病。目前国外已有许多国家和地区开始为本国的儿童接种肺炎球菌结合疫苗。
专家还提醒，由于肺炎球菌在空气中无所不在，又极易传播。所以，除了接种肺炎球菌疫苗外，还要注意保持家居环境清洁及空气流通。特别是抵抗力弱的儿童，患病期间应尽量留在家中，外出时配戴口罩，并通过定期消毒日常接触物品等方式来进行预防。
