乙肝疫苗产生的抗体只对血液中的病毒有效，对已经进入肝细胞的病毒无效。所以，如果注射乙肝疫苗前已经感染了乙肝病毒，则注射乙肝疫苗无效。
疫苗保存和使用不当也可导致接种失败
乙肝疫苗不宜冰冻，冰冻可破坏其结构。37℃保存不宜超过1个月，4℃保存不宜超过1年。保存时间过长，疫苗效价会降低。另外，乙肝疫苗宜在三角肌或大腿前外侧注射，不宜在臀部注射。因为臀部脂肪组织多，免疫活性细胞少，注射后产生的抗体滴度低，抗体下降速度快。可见，疫苗保存和使用不当，影响抗体的产生，也是接种疫苗失败的原因之一。
乙肝病毒变异使疫苗失去作用
即使注射疫苗产生了高滴度的抗体，少数人仍有得乙肝的可能。这是因为乙肝病毒可以发生变异，而现有的乙肝疫苗是针对正常乙肝病毒的。如果乙肝病毒表面抗原发生了突变，注射疫苗的人不幸感染了这种变异病毒，就仍有可能得乙肝。
如何才能有效免疫？
鉴于少数人接种乙肝疫苗后仍然可发生乙肝，而其主要原因是未产生抗体或抗体滴度不高等。因此，完成乙肝疫苗全程接种后不能以为万事大吉了，而应进行乙肝全套检查。如果没有产生抗体，还应重新接种疫苗。为了增加成功的可能性，应加大疫苗剂量，如每次15微克(重组疫苗)，并且最好另选生产厂家的产品。有些专家认为，补充锌、IL-2或胸腺素有可能增加抗体滴度，不妨一试。
