目前还没有监测到疫苗对一些治疗药物的影响。检索国内外医学文献，以往的流感疫苗偶尔可与茶碱、华法林和苯妥英等药物相互影响，降低这些药物在体内的代谢，使血中药物浓度升高，造成毒性反应。因此，新西兰医疗安全网引用近期《现代医生》中的文章，提醒医生要警惕那些在接受抗癫痫药、茶碱类药和华法林药物治疗的病人，在接种流感疫苗时所表现出来的毒性反应；正在接受这些药物治疗的患者在接种甲流疫苗后的一个月内，要注意监测血药浓度，根据血药浓度及时调整原有药物的治疗剂量。另外，使用免疫抑制剂的患者注射甲流疫苗可能会影响疫苗的效果。
最近有报道认为，接种甲流疫苗之后两周内如无特殊情况，尽量不要使用抗病毒药物。因此，一些正在进行抗病毒治疗的乙肝患者对此产生了疑问：他们在抗病毒治疗期间能否接种流感疫苗？如果接种疫苗，是否应暂停服用乙肝抗病毒药物？
对于药物是否会影响甲流疫苗的免疫效果，目前尚无确凿的证据。乙肝属于必须坚持治疗的疾病，而流感属于需要预防的疾病，两者比较，治疗疾病比预防疾病更重要。一旦中断治疗，很可能使肝病加重；还有可能因反复停药而导致病毒耐药。另外，流感病毒属于核糖核酸(RNA)病毒，乙肝病毒属于脱氧核糖核酸(DNA)病毒，目前的抗乙肝病毒药物对流感病毒没有作用。
因此，正在进行抗病毒治疗的慢性乙肝患者千万不要因为注射甲流疫苗而盲目停药。但使用干扰素治疗的乙肝患者，由于干扰素也有引起发热等反应的可能性，因此，最好不要在干扰素治疗期间注射甲流疫苗，以免加重或增加不良反应发生的风险。
