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对于肠套叠的病因，目前没有定论，各种学说很多，主要有以下几种：
病毒说
由于病毒感染，宝宝肠壁回盲部的淋巴结引起炎症，肠壁局部凹陷，致使肠腔狭窄，肠子从近端向远端套叠。由于在肠套叠宝宝的粪便中可检出轮状病毒及腺病毒等，因此这种说法较普遍。
解剖说
与肠套叠宝宝的肠子结构有关，由于宝宝肠子松，回盲部游离度大，回盲瓣过度肥厚，小肠系膜相对较长，容易发生逆向蠕动。
激素说
与肠道激素改变有关，如宝宝出现腹泻、便秘，肠腔内的激素状态发生改变，于是产生异常蠕动。
胃肠过敏说
可能与辅食添加太多、太快有关。在给宝宝添加辅食时，成人贪求快、多，未严格遵守添加原则，致使宝宝胃肠不耐受，导致肠蠕动增加或不规则，形成肠套叠。
宝宝腹部受冷也会使胃肠过敏，增加肠蠕动，可能导致肠套叠。
