各方面对“科学化”反应不一
这份大纲公布后，有的中医直斥其为“四不像（即新、即旧、亦中、亦西）”；名医祝味菊说其中不少术语并非中医所有，“将来据此整理国医，必致引起无穷纠纷”。奇怪的是反中医的主将余云岫却肯定这份大纲。各地响应“科学化”提议的中医也有不少。其中，广东中医林昨非和谭次仲的“科学化”中医版本就很有代表性。
但是，中医与“科学”的融合并非那么容易的事，其中首当其冲的问题就是置中医基本理论于何地？在提倡国医“科学化”者眼中，阴阳、五行、六气等中医概念都是“不科学”的。从科学的角度，谭次仲将中医知识划分为三类：玄理、经验与药物，“玄理为冥想哲学，自与科学实验不相容，惟药物则实物也，经验则实象也，二者自古施诸治病而有验，故必有科学之理致存。”而中医所说的“气化”等观念，“目不可得见，耳不可得闻”，他认为就属于“空想之谬所”。谭次仲认为中医临床上真正发挥作用的是中药，但传统中药的四性五味等理论“大都经纬之以气化生克之说，玄谬无稽”，“必取其有效之药物，加以科学实验以证明其真理，确定其效途，更提取精华以施于用”，才合乎科学。
谭次仲这种思想被后人称之为“废医存药”。当时人们受西医药理学影响，认为中药治病有效的原因应该是其中含有某种化学成分，所谓“科学化”就是要把这些成分提取出来，通过实验说明它对人的作用，以后就不需要用传统的寒热温凉等理论去解释了。但这种思路一直走不通，许多从药材中提取出的化学成分，在临床上作用并不明显，结果反而被西医用来作为否定中医的证据。脱离了中医药理论的指导，中药就不能发挥应有的作用，说明当时常规的科学思路并不足以完全阐明中医的科学道理。中医“科学化”运动处于尴尬境地中。
