该书以问难的形式，亦即假设问答，解释疑难的体例予以编纂，故名为《难经》。
十一难
曰：经言脉不满五十动而一止，一藏无气者，何藏也？
然：人吸者随阴入，呼者因阳出。今吸不能至肾，至肝而还。故知一藏无气者，肾气先尽也。
十二难
曰：经言五藏脉己绝于内，用针者反实其外。五藏脉已绝于外，用针者反实其内。内外之绝，何以别之？
然：五藏脉已绝于内者，肾肝气已绝于内也，而医反补其心肺。五藏脉已绝于外者，其心肺脉已绝于外也，而医反补其肾肝。阳绝补阴，阴绝补阳，是谓实实虚虚，损不足益有余。如此死者，医杀之耳。
十三难
曰：经言见其色而不得其脉，反得相胜之脉者，即死。得相生之脉者，病即自己。色之与脉，当参相应，为之奈何？
然：五藏有五色，皆见于面，亦当与寸口尺内相应。假令色青，其脉当弦而急；色赤，其脉浮大而散；色黄，其脉中缓而大；色白，其脉浮涩而短；色黑，其脉沉濡[2，儒：原作“涩”，据《古本难经阐注》等改。]而滑。此所谓五色之与脉，当参相应也。脉数，尺之皮肤亦数；脉急，尺之皮肤亦急；脉缓，尺之皮肤亦缓；脉涩，尺之皮肤亦涩；脉滑，尺之皮肤亦滑。
五藏各有声色臭味，当与寸口尺内相应，其不相应者病也。假令色青，其脉浮涩而短，若大而缓为相胜；浮大而散，若小而滑为相生也。
经言：知一为下工，知二为中工，知三为上工。上工者十全九，中工者十全八，下工者十全六。此之谓也。
