经络学说是中医学的重要理论基础，但又一直不能为现代科学所证实，所以否定经络存在进而认为中医学不科学者大有人在。本文暂不讨论经络之有无，仅对否定者的思想方法做一评析。
否定者认为：经络无法在解剖中发现，即使电子显微镜也无法发现，所以没有。笔者想问：第一，解剖是对尸体解剖，在尸体上没有呼吸、心跳和血液循环，难道说活人身上也没有吗？尸体中没有气血运行，当然难以找到气血运行的通路经络了。第二，电子显微镜没有发现就等于没有吗？在西方医学没有发现胸腺之前，人体就没有胸腺吗？仅以解剖中暂时未发现就否定经络的存在，不符合科学精神。几十年来，中国的经络研究已经发现、证实了一些经络现象和经脉线上的物质基础。既然讲科学，首先要尊重事实，否定者为什么对这些实验结果视而不见呢？
否定者认为：西方医学没有发现经络就说明中医学不科学。那么什么是科学？怎样认识科学？现代科学对于这些规律只是认识了很少一部分，是否完全正确尚未可知，所以很多领域都有不同学派的争鸣。而人体是一个非常复杂的系统，西方医学迄今为止对很多常见病的根源都没有彻底认清，也就无法快速有效地治愈。
中医学理论有着与西方近现代科学不同的建构和表达模式，它凝聚了中国古人的智慧，其临床实践经历了两千多年的检验，现代科学暂时没有完全解释，不等于永远不能解释，不等于中医学就不科学；只能说中医学和西方生物学以及医学对人体的研究角度和方法不同，但最终目的都是为了揭示人体的奥秘，更有效地治病救人，而这种不同本身恰恰可以成为科学发展的动力。
20世纪晚期以来，西方科学逐渐对还原论的思维方式做出反思，而中医学理论中蕴含的辨证、整体、系统的思维方式正在为有识之士所重视。仅就经络学说而言，就有研究者认为：经络研究很可能孕育着生命科学的革命和科学方法论的突破。这是我们中华民族对人类科学事业的贡献，我们应为之自豪并大力宣扬；而简单地用西方医学的标准评价中医进而妄自菲薄是西方中心论不自觉的表现，这本身又是一种错误的思想方法。
