魏晋南北朝时期是香熏发展史上重要的承上启下时期。此时进入中原的外来香药品种不断增加，当时志传类著作如《南州异物志》、《广志》、《南方草木状》等都记录了不少香药的内容。隋唐两宋时期，香熏的发展进入鼎盛期，香熏的使用更加系统化、精细化。
士大夫的香熏时尚
魏晋时，男子熏衣之风尤为突出，如西魏时，文帝曹丕好熏香，竟因香气太盛而致马匹受惊，《魏书·方技传》载曰“马恶衣香，惊啮文帝膝”；尚书令荀彧特别喜爱熏衣，时人称“荀令君至人家，坐处三日香”，因而有“荀令留香”的典故（《襄阳记》）。到了南北朝时期，据《颜氏家训》记载，贵族子弟已是“无不熏衣剔面”了。
此时，文人们写出了不少与香熏有关的文学作品，如曹丕、曹植的《迷迭香赋》，傅咸、成公绥的《芸香赋》等等。香学专著也开始出现，如南朝范晔著有《和香方》，其自序中载有关于各种香料特点和使用注意事项的论述：“麝本多忌，过分即害；沉实易和，盈斤无伤。零藿燥虚，詹唐黏湿。”
医、道用香
道家认为香可以辅助修道，东晋《太丹隐书洞真玄经》曰“烧青木香及熏陆安息胶于寝处头首之间者，以开通五浊之臭，止地上魔邪之气，直上冲天四十里”；北魏道士寇谦之为每种斋仪都规定了相应的仪式，凡求愿、治病、超度亡灵等都须先起香火、拈香诉愿。葛洪《抱朴子内篇·黄白》载炼丹、斋醮时须焚香：“凡作黄白，皆立太乙、玄女、老子坐醮祭，如作九丹法，常烧五香，香不绝”。
此时香药在医疗上的用法也日趋丰富，包括了内服、佩带、焚烧等各种方法。《抱朴子内篇》中有不少涉及香的内容，如论述香药之珍贵“人鼻无不乐香，故流黄、郁金、芝兰、苏合、玄胆、素胶、江离、揭车、春蕙、秋兰，价同琼瑶”（见“辨问”）；另有入山辟蛇法，“以麝香丸著足爪中，皆有效也”（见“登涉”）等等。又《肘后备急方·治面疱发秃身臭心惛鄙丑方》载有“六味熏衣香方”，方用沉香、麝香、苏合香、白胶香、丁香、藿香，为医籍收录香方的较早记载。陶弘景在《本草经集注》中也收录了苏合香、龙脑香、熏陆香等外来香药，并且在为多种香药作注时，多有提及“道家用以合香”之语；其《登真隐诀·卷下·章符》则曰“因病入静，需四面烧香，安四香炉”。
此外，《隋书·经籍志》中著录有《香方》（宋明帝撰）、《龙树菩萨和香法》、《杂香方》、以及《杂香膏方》等，虽然书籍已佚，但已经能够反映出当时香方的丰富繁荣状况了。
此时由于江浙一带青瓷的兴盛，一时各种青瓷熏炉十分普及，如现藏于浙江省博物馆、南京市博物馆、苏州市博物馆的各类青瓷香熏炉。
