耳穴诊治的理论基础是什么，这一问题至关重要。正确的理论能指导学科健康发展，错误的理论会将学科引进死胡同，如果没有基础理论，耳穴诊治将沦为江湖医术，进不了科学的殿堂!
关于耳穴诊治的理论基础，有两种观点：生物全息和经络学说。
生物全息
近代的耳穴诊治是在P·诺吉尔的影响下发展起来的。他先提出了形如胚胎倒影的耳穴图，后来又发展为三位相学说，1975年诺吉尔和R·Bourdiol又提出了全身各系统的新耳穴图，实际上已经否定了胚胎倒影的耳穴图。在我国，由于胚胎倒影与生物全息理论不谋而合，有的耳穴工作者一直把生物全息作为耳穴诊治的基础理论。由于后来发现的许多治疗点并不符合胚胎倒影的规律,于是又有人提出二级全息的概念，在胚胎倒影中又画上许多小的胚胎。对于这些小胚胎，也许针其"头"能治头部的病，针其"屁股"就未必能治屁股的病了。有二级就会有三级、四级......，张颖清教授认为克隆技术的成功是生物全息的最好证明，这对生物全息理论来说确实如此，每个细胞都蕴含人体的全部信息，这是最高级的生物全息，可是对针灸来说，就失去了意义，因为按照生物全息理论，针刺全息胚的某一部分，人体就会修复其相应部分，既然每个细胞都包含着人体的全部信息，那么应该针刺任何一个细胞都可以治疗全身的各种疾病，而实际并非如此简单。
经络学说
《灵枢·经脉》篇说："三焦手少阳之脉，......其支者，从耳后入耳中，出走耳前， 过客主人前。"《灵枢·经脉》篇又说："胆足少阳之脉，......其支者，从耳后入耳中，出走耳前。"其他各条经脉也与耳有这样那样的联系，归结起来就像《灵枢·口问》篇说的："耳者，宗脉之所聚。"
尉迟静"以超感型经络敏感人为对象，针刺井穴的刺激感传，在四肢与躯干的循行路线基本符合古典文献记载，刺激感传到达终点穴后，都能继续上行，远传耳郭之上。...... 各条经脉入耳的刺激感传通走全程，相同井穴的经络感传在耳郭上都有其相同的分布规律；不同井穴的经络感传在耳郭上都有其不同的排列法则。......耳郭经脉路线蜿蜒曲折，坎坷不平，随着耳壳表面的起伏，而遍及整个耳朵表面，虽然如此，受检者都能体察得十分清楚，两侧同名经脉所构成的耳经络路线恰似镜像，在重复中图象可以再现。"据此，尉迟静画出了十二经的分枝在耳背和耳郭前面的循行路线，从而将《黄帝内经》中"十二经皆聚于耳"的结论更加具体化了。
关于经络，《黄帝内经》中有很具体细致的描述。《灵枢·经脉》篇说:"经脉十二者，伏行分肉之间，深而不见。"就是说"经脉"是在皮下一定深度的地方的。《灵枢·脉度》篇说："经脉为里，支而横者为络。"所以"络"是经脉上横向支出的分枝。竹木分枝的地方叫做"节"，所以笔者认为《内经》中的"节"是指经脉上横向支出络的地方。《灵枢·九针十二原》说："所言节者，神气之所游行出入也。"古人"穴居野处"，"穴"是人居住的地方，所以也将神气游行出入的"节"称之谓"气穴"。人们望文生义，以为"络"是像蜘蛛网一样网络全身，这是不正确的。《灵枢·经脉》篇说的非常明白:"诸络脉皆不能经大节之间，必行绝道而出，入复合于皮中，其会皆见于外。"络脉合于皮中处，《黄帝内经》中没有命名，笔者将其命名为"经络口"。综上所述，经、络、节、经络口的结构模型应该是这样的:
