医师指出，扁平疣的治疗，必须根据它生长的部位而定，以免造成日后留下色素沉淀或色素脱失。长在四肢或位于美观上较不受影响的地方，或是少数顽固的病灶，可考虑采用液态氮冷冻治疗、汽化雷射或是电烧，将明显可见的扁平疣，一个个破坏。如果长在脸部，可使用局部涂抹维他命A酸、水杨酸或由医师涂抹三氯醋酸，让扁平疣脱落，但需要数次的门诊治疗。
医生强调，虽然扁平疣有可能经过数个月或数年之后，会慢慢自行消失，但是因为疣本身具有传染性，还是要加以治疗，尤其许多患者不了解脸上长的是扁平疣或青春痘，常常将扁平疣当成青春痘来挤它，造成扁平疣的扩散，最好请皮肤科专科医师作进一步的诊断。
预防扁平疣的感染，最重要是就是保持一个良好的生活和卫生习惯，避免使用公共的卫生用品，如毛巾、手帕等，如发现自己长了扁平疣，不可以搔抓以免扩大传染范围。
