用量不当：如肉桂过量会发生血尿。
药性偏性：药物特有的性能如寒热温凉，可纠正机体病理之偏，但运用不当，则雪上加霜。
来源品种不同：不同产地、品种的中药差别很大。
药材未经炮制或炮制不当：如生半夏有毒，而经炮制后的法半夏则毒性大减或甚微。
煎煮不当：一般认为长时间煎煮可以减毒，但也有相反情况，如山豆根煎煮时间越长，副作用越强。中药污染：中药保管不善引起霉变或种植采收中农药有机磷污染均可引起不良反应。
用药途径不当：作为肌注用的丹参注射剂用于静脉注射易发生不良反应。
用药时间过长引起蓄积中毒：朱砂蓄积中毒损害肝肾功能。
个体差异：个体对中药的耐受性差异很大，尤其在病理状态或疲劳、营养不良时更为明显。
