引起自然流产的原因主要有：
1、遗传因素，由于染色体的数目或结构异常所致的胚胎发育不良，是流产最常见的原因，在占全部妊娠15%~20%的自然流产中，遗传因素可占60%~70%。，(流产儿染色体异常占50%~60%，夫妇一方或双方有染色体异常的约占10%)。由此可见，遗传因素是自然流产的最主要的元凶，尤其是怀孕头3个月内的流产。
2、外界不良因素的影响，大量吸烟(包括被动吸烟)、饮酒、接触化学性毒物、严重的噪音和震动、情绪异常激动、高温环境等一切可导致胎盘和胎儿损伤的因素都可造成流产。
3、母体疾病，母体患任何不利胎儿生长发育的疾病都可造成流产。
4、父方因素，有关研究显示，大约有10%~15%的男性精液中含有一定数量的细菌，可影响孕妇使胚胎流产，近来发现有一种无症状的菌精症可导致孕妇流产。
自然流产是孕妇的不幸，但从某种意义上讲，自然流产正是人类不断优化自身的一种方式，也正是对孕育着的新生命进行选择，优胜劣汰是大自然的法则，占流产50%以上的染色体异常，胎儿早期流产会减少畸形儿的出生，因此，在保胎前应尽可能的查明原因，尤其是习惯性流产，不要盲目保胎。
怎样减少流产的发生?发生习惯性流产，夫妇双方应做全面的体格检查，特别是遗传学检查，基因学的发展将会给患有习惯性流产的夫妇带来福音。找出造成习惯性流产的原因，根据原因加以防止和治疗才能有效的控制其发生：
1、发生流产后半年以内要避孕，待半年以后再次怀孕，可减少流产的发生。
2、要做遗传学检查，夫妇双方同时接受染色体的检查。
3、做血型鉴定包括Rh血型系统。
4、有子宫内口松弛的可做内口缝扎术。
5、针对黄体功能不全治疗的药物使用时间要超过上次流产的妊娠期限(如上次是在孕3月流产，则治疗时间不能短于妊娠3月)。
6、有甲状腺功能低下，要保持甲状腺功能正常后再怀孕，孕期也要服用抗甲低的药物。
7、注意休息，避免房事(尤其是在上次流产的妊娠期内)，情绪稳定，生活规律有节。
8、男方要做生殖系统的检查。有菌精症的要治疗彻底后再使妻子受孕。
9、避免接触有毒物质和放射性物质的照射。
