药物流产的优点是简便、有效、无创伤。但不足之处在于药物流产的副作用，即便是最小的副作用也容易引起月经失调，表现为月经周期缩短或延长，月经量增多。还可能导致胚胎没有完全排干净，如果长期残余在子宫里，会引发宫内感染，损伤子宫内膜，继而引发输卵管闭塞，对于未生育的女性来说，如果反复使用，还有可能导致不孕。药流失败或不全的女性，还需做人工流产和清宫手术，这又是一次心理和身体上的创伤。
由于药物流产还是会留下一定的并发症，因此，目前医学上规定，药物流产只能在具有一定设备的医疗保健机构中使用，以便在出血多或者时间较长的情况下进行清宫手术，以及抗感染，输液和输血治疗。
一般药物流产后的2-3天，子宫腔内的胚囊即可排出，此时阴道出血较多，会有头晕、恶心、呕吐、乏力、腹痛等反应，而子宫中的螺膜组织往往需两周左右才能慢慢排出，随后出血停止，才能完全流产，所以规定孕妇在药流后15天去医院做复查，必要时做B超与尿妊娠试验，以确定流产效果，如果在服药1周内未流产，或10天左右阴道流血明显增多，以及超过3周至一个月仍然流血不尽者，应该去医院复查，对流产失败或者不全的，需做人工流产和清宫手术。
