当代生命科学研究所发现的哲学问题表明，不能在生命科学的研究中把西方科学和哲学方法论作为完备的坐标系。对科学的认识应消解这样的一个误区，即：科学是认识世界的工具，工具本身不能成为世界的代表，科学是认识真理的工具，而工具本身并不能代表或取代真理。
就西方自然科学原理的本质性而言，是思维以范畴的模式化产生的对客体的物理性建构。由于其具有物理的外在的物质性，所以，到目前为止，还没有发现科学的范畴和模式能与人体的练功效应完备的对应性，以所谓的科学仪器的模式所进行的对人体效应的观测，则由于能量和时空转换的困难，使对其所进行的解释多有牵强之处。这些表明，以气功修炼所进行的经验形式和科学形式之间需要一种转换的模式，而这一模式的转换在西方的自然科学体系内是不能完成的。所以，西方的自然科学体系并不能对人体的练功效应给以终极价值的推定。
这样，将出现下述的困难：既不能把形下性科学的形式用于生命科学研究，又要对中国的“气功”修炼的形上性方式给出科学形式上的证明。解决这一困难的方法只能是在认识论的层次上给以界定，使人体的相关研究于科学的模式中在一定的层次上以模式的转换方式为科学所包容，从而把科学形式区分为形上性和形下性。以人体“气功”效应的自为性而言，如果以形下性的科学仪器对人体效应作测定，对“外气”尚可以某种物理效应或以物理实在进行解释，但对于“内气”，以物理效应或物理实在进行解释，就成为问题。例如，在修炼道家内丹功的过程中，身体中的内气根据其练功的层次的不同，感觉到的内气“质量”大不一样，所循走的经络也不尽相同，小周天，大周天，玉液还丹，金液还丹等层次均具有不同的感觉和能量形式（如：热感、凉感、气重气清、有汗无汗等等）。又如，内气以时间的不同而循行于一定的经络（例如子时为复气在尾闾穴），这一循行过程无论对任何人都一样，是一个自然的过程，然而，对经络的认识用形下性的科学模式进行的推定已经非常困难，对这一过程的的可操作性的测定与对受试者的主体感觉进行定性的形下性的科学模式化就更困难。由于人是受试的主体，而人体的气功效应是主体的操作性，并不具有形下性的科学仪器对人体干涉的决定性。所以，对于形下性科学的阐释而言，西方科学的形式并不具有唯一性，因为生命科学的研究存在着模式化的定性与主体的感觉同一性的困难问题。这一点使我们回到休谟哲学。
休谟哲学表明，对于人的主体性认识，主体的所有认识都不能提供可靠的与存在的同一证明，所以，主体的所有的认识并不具有本体论意义。对休谟问题的哲学反思，使休谟的怀疑论哲学推进了西方认识论哲学的发展。但到目前为止，西方的后现代主义以海德格尔哲学为代表形式仍然俳徊于休谟的问题之中。由于在形下性的科学哲学中存在这样的问题，所以，企图以形下性的科学形式阐解人体的“气功”效应，就必然遇到的上述的不可克服的本体论和认识论困难。
