对于科学研究中的认识论问题，爱因斯坦曾指出：“即使是有勇敢精神和敏锐本能的学者，也可以因为哲学上的偏见而妨碍他们对事实作出正确解释。这种偏见──至今还没有灭绝──就在于相信毋须有自由的概念构造，事实本身就能够而且应该为我们提供科学知识。这种误解之所以可能，只是因为人们不容易认识到，经过验证和长期使用而显得似乎同经验材料直接相联系的那些概念，其实都是自由选择出来的”（《爱因斯坦文集》第1卷，第22页）。爱因斯坦指出的问题， 有普遍性的意义，在当代的生命科学研究中显得更为重要：由于物理科学模式与生命科学效应的能量转换的时空非统一性困难，此时，以形下性的科学模式对形上性的生命科学现象的解释，不但显的牵强附会，而且不利于生命科学的本质性研究。所以，哲学思维的僵化，是其根本问题。尽管已有学者指出，生命科学的研究将带动科学革命，实现科学模式的内向性转化（见辛立洲: 《二十一世纪的明珠──中国文化简论》天津人民出版社，1994年4月第1版 ）。 但并没有引起生命科学研究者的广泛注意。我们看到，在目前的生命科学研究中，由于物理科学模式运用于生命科学研究由形下性向形上性转化模式上的困难，把人体气功效应中的不能被形下科学所推定的现象称为异端邪说、封建迷信等时而有之。更有甚者， 以“气功”现象与形下性的科学原理的相悖为理由而加以否定。之所以产生这些认识，除却意识形态方面的原因而外（因不是学术问题，故不在本文的讨论之内），都是自觉和不自觉的陷入了哲学上的误区而形成的。因此，应当了解形下性科学的本质性。任何形下性的科学，都是主体对客体进行的模式上的转换，使客体能够以被感知的形式进行观察和理解，进而重构概念和理论系统。由于时空的形式化，模式转换的时空限定性成为形下性科学中的困难问题。在形下性的科学研究中，为突破时空限定性，测试仪器被不断改进，数学──时空形式化的基本工具不断被新的数论所取代，使主体对存在的认识向深层发展。但是，形下性科学模式的时空转换问题却始终成为制约人的认识的基本问题。自相对论问世之后，时空被引进认识论领域，但是，时空的基本问题，例如时空在物理效应的模式中的作用、观测仪器的时空效应等问题，没有引起研究者的注意，而生命科学研究最具本体性的问题则是在科学效应的形上性与人体效应的时空模式的非对应性之中。对于这一形上性科学的本质性问题能否引起研究者的注意并在实践中加以解决，是当代生命科学研究能否真正的称其为科学的本质性关键问题。
