把生命科学研究的自在性放到其历史和逻辑的过程中反思，能进一步理解中国古代生命科学不同于西方自然科学的本质性。任何科学的产生都有其自在的本体论支持，例如西方的科学产生于古希腊的哲学。然而，所谓的生命科学研究的对象却是早在几千年前产生于中国的古代哲学文化中的中医学及儒学和道学之中，如上所论，生成其形上性生命科学的哲学是与西方哲学截然不同的形而中论。显然，关于人的存在，无论中国哲学的形而中论还是具体的生命科学形式，也无论是其表现在历史中的和逻辑中的统一性，都不同于西方的哲学和形下性的自然科学体系，所以，不能以西方哲学和形下性科学的方法对中国的生命科学形式进行简单的推定。
显然，不能以西方的哲学和自然科学的模式推定生命科学研究的终极价值，因为人类已经有了相当长的和丰富的社会历史来了解人类的过去，而这一了解并不再是个体的经验，而是知识的积淀，人类已经终于在普遍意义上发现对终极关怀问题的解决绝不是任何物质性的满足所能达到的，也不是西方的科学形式所能完成的，而必须寻求其它的道路。正是在这样一种只有在当代才能引起普遍性共识的文化氛围中，当代的“气功热”和生命科学研究才成为可能。如上所述，西方科学是十足的形而下的产物，而中国古代的生命科学研究和修炼实践却是形而上的产物，所以，西方的形而下与中国的形而上的哲学和科学的融通，是当代生命科学研究中的潜在的哲学困难之一。
事实表明，以西方哲学和科学模式对生命科学的研究方法，已在生命科学的本体论承诺中发生了认识论问题，因为把人的存在作为纯物质性存在因而用物质实验的方法以证明例如外气 、内气等效应性问题的研究， 实质上是用科学形式对人体科学研究在形式上的限定。应当认为，在相关的物质能量转换的层次上利用科学形式鉴别人体的物理效应，在形式上是有效的。但是，对产生这些物理能量效应的本体上的操作方式和其本质性的研究，尤其是自在于存在者之中的意识自为所产生的形上性的生命科学作用，当代自然科学以物理性和实在性形式所进行的研究，由于其被时空的参照系所限定，将是相当困难的，甚至是无能为力的。生命科学研究将表明，当代的生命科学研究不具有与历史上其他部类的科学研究相同形式的研究，其应当是哲学和科学的整合──以新的科学模式并在其中进行的研究和推定。
