目前生命科学研究的方法论表明，仅仅以西方自然科学的方法研究人体的某些“气功”作用下的物理现象以作出某种科学的解释显然是不够的，更主要的基础性的工作即哲学和文化的研究还没有在应有的层次上展开，这使得理论上的混乱和造成研究中的困难就不可避免。这一问题，从一些当前发行的气功杂志和理论刊物的论点中略见一斑。因此，应在当前的生命科学研究中重视基础理论方面的研究，尤其重视生命科学的哲学和文化问题，在解决了上述的基础理论问题之后，生命科学研究才会深入和健康的发展。而这一进程表明，人类社会发展到当代，由于价值主体的反思和被重新确立，将使西方自然科学的模式由形下性转化为形上性，在中国生命科学对终极关怀的承诺中，使生命科学研究具有人和社会存在形式的必然统一性。
当代的生命科学研究表明，由于哲学思维自在于研究中的作用，并由于有相当多的研究者的哲学思维束缚于西方哲学的模式，使生命科学的研究因哲学思维方式上的问题，出现了一些误解和争论，没有产生突破性的研究成果。黑格尔认为：“既然文化上的区别一般地基于思想范畴的区别，则哲学上的区别则更是基于思想范畴的区别”（黑格尔：《哲学史讲演录》商务印书馆1959年9月新1版第1卷第47页）因此，如果说以形下性的西方科学的模式承诺并生成了西方的医学体系，这由其哲学的统一性所决定，那么，形上性的中国生命科学也只能是中国哲学生成的科学形式。所以，如果不是出自于理性，而是以几十年来养成的西化的思维定势、那种被异化的文化价值观及其对意识形态上的承诺，因此以西化的概念和范畴作为坐标系进行中国的生命科学研究，那么，显然由于中国生命科学研究的形上性，其概念范畴在两种科学形式及本质上的非统一性，将造成理解中国生命科学的严重误区。
我们看到，当代的生命科学研究始于“特异功能”、“气功”等现象的出现，研究方向是基于人的内在性的自我操作所产生的人体效应以对生命的重要作用作出科学的阐释。但是，这一阐释的形式虽然借鉴于西方科学，由于生命科学的对象及实验的主体是修炼者自我的感觉经验，表现出科学的形上性；而西方科学是物理性的实在形式，表现为形下性，使之形下性科学的物理形式与经验感觉的形上性不具有完备同一的对应性成为科学模式上的困难。因此，对人体的完备的物理测量，尤其是“气功”作用下的人体效应，是形下性的科学模式和技术水平所无法达到的。从哲学角度而言，由于研究对象的操作形式产生于自在的哲学思维方式（道学、儒学、医学），不同于西方科学的哲学思维，所以，中国生命科学的研究实质上是超越西方科学形式的研究方法。之所以借鉴科学，仅仅是寻求以西方自然科学已然成功的物理形式作为认识论的参照系。但是，对人体自在的内在性、对生命的可操作性（我命在我而不在天）之效应（例如大、小周天）的形上性的普遍原理的认识，由于西方自然科学并不具有本体论的自在性，所以将对形上性的生命科学的推定显得无能为力。因此，只有在明确区分形上性和形下性科学的不同从而推定正确的研究方法，以此进行生命科学研究并最终建立形上性的科学模式，才是正确的研究方向。
