从哲学而言，在当代的文化模式中发生的“气功热”，实质上是当代主流文化观的“异化”，因为无论从何种意义而言，以“气功”为形式表现出的中国文化的本质性与当代的主流文化观是不兼容的。这实际生成了下面的悖论──以中国现代主流文化的西方哲学思维推定中国古老的“气功”。所以，这些主流哲学和文化观念上的问题，在实践中成为练功者的心里障碍，练功者需具备的无私、无为等心里素质，与当代的价值取向（尤其是商品经济的价值观）显然是相悖的。因此，对气功修炼者的文化心里素质的研究表明，社会上产生的广泛的群众性的气功热，存在着文化上的障碍，存在着基础理论的困难，存在着哲学认识论的问题。这些，也是存在于生命科学研究者中的问题。“气功热”以来产生的问题表明，由于在研究中缺少对中国传统哲学文化方面的基础性研究，因此发生了所谓的反对伪科学的问题，当然，以伪科学贯之于这些问题显然出于科学主义的价值观，尽管能说明批评者的心态，但是，由于这种批评不具备本体论意义，因此终非正确，而其中所反映出的哲学和文化价值观问题对批判者和被批判者都是具有同一性的问题。对于用反对伪科学为武器的批判者而言，把孩子和脏水一同倒掉（例如于光远、何柞庥、司马南等人出于意识形态的价值承诺而不是出于理性的承诺而进行的批判）。对于被批判者而言，由于缺少文化的主体意识或出于某种目的，把脏水叫孩子喝掉（例如有的气功门派声称不二法门，修者必需将原来所习所修的知识及书籍等忘掉和烧毁等，这种做法不但有违于文化发展的规律，同时也造成人的文化道德修养的失落）。试问，没有文化能有今天的文化架构从而能使人们认识气功吗？这些就不是用所谓反对伪科学能解决的问题，因为用西方的形下性的科学承诺真理并批判中国形上性的生命科学，由于形下性和形上性的不同，实质上因其不能自圆其说而处于两难困境。反对伪科学和把气功称为科学由于同样不知其形上性和形下性的区别，这将使人们的认识陷入严重的误区。这些乃是非理性的行为，发展下去，这是对文化的反动，是对生命科学研究及文化理性的扼杀。因此，“气功”修炼的文化学、人类学意义及其哲学基础理论和科学的形上性和形下性的不同形式问题，应引起生命科学研究者的极大重视。
