使中医学完成以生命科学为主体医疗模式的方法论转向，在当代同样存在着应首先解决的是生命科学研究中的哲学问题和对基本理论模式的推定问题。
包括中医学在内的生命科学，是中国古代文化中的瑰宝，其在先秦文化中，就已经成熟并被包容于儒学和道学之中。生成于中国文化中的这种生命科学形式，因有其相应的哲学为基础，所以不能以西方的科学理论和科学规律进行界定或者类推。笔者在研究中，根据形而中论的哲学原理，把以生命科学为代表形式的中国科学以其本质性界定为形上性科学，把以声光电化为代表形式的西方科学以其本质性界定为形下性科学，从科学的基本性上解决了这一研究领域存在的问题（例如“李约瑟问题”等）。具体推论请参考拙作《追寻中国科学精神》一书。
我们知道，中国当代的生命科学研究由“气功热”所引发，由于没有相应的基础理论之准备，所以，生命科学的基础理论研究的滞后始终成为制约研究中的问题。这些问题表现出当代文化模式与“气功”文化的母体──中国文化的非统一性，尤其是其中的哲学问题成为问题中的问题。因此，对这些问题的反思将推动哲学、文化与科学的进步。对生命科学的哲学问题的思考，不但使人类文化的本质性和科学的本质性问题得以澄清，而且使哲学在这一过程中带来自身的革命，哲学将在对存在本体的新认识中突破旧的模式，将在对人类终极关怀中建立人类的哲学。而且，只有在这一哲学理路中，使生命科学的本体论问题得到化解，从而推动生命科学的研究。在这一过程中将推定人类存在的本质性，使人类的文化在存在的本体性形式上解决终极关怀问题。
所以，深入探索生命科学研究中的基础理论问题，使当代以来产生的“气功热”向健康的方向上发展及对社会产生积极的影响，是这一工作中的极其重要的组成部分。由于人的存在的终极关怀问题是人的思想和行为的价值主体（生命是一切其他价值所推定的主体），加之中国社会从八十年代以来开始了稳定、健康和政治宽松的进步时期，人们的价值主体意识在一定的程度上被社会政治意识形态所认同。在这种社会氛围中，人们开始有条件以价值主体出发关怀自身的存在问题，开始有条件选择医疗保健措施，以达到增强身体健康和延长生命之目的。基于自身的医疗经验，普遍的共识认为常规的西方医学的方法不能在最基本的价值本体的意义上达到上述目标。因此，从中国古代社会就产生的，被先秦儒学和道学及两汉以后的道教已经证明的行之有效的“气功”修炼方法，就成为人们选择的强身健体的锻练方法。但是，由于当代人们的思维方式、语言内涵与古代大不相同，加之当代人的社会存在形式与古代（产生“气功”的）自在形式相差悬殊，更加之当代人们习惯于用西方的科学方法和科学主义的价值观评介气功修炼，这就形成了一系列的理论问题，尤其是其中的基础理论问题。由于古代“气功”流派众多，各执其一，良莠参杂，令人难辨真伪。问题表明，当代的“气功”热始于社会自发性，而不是出于中国文化和哲学的理性。出于实用的心态，这使生命科学的研究相对被动，因此表现出基础理论研究的薄弱。由此可知，在生命科学研究中进行基础理论方面的研究，以确定“气功”功理功法的普遍意义，使人的价值本体在正确的方法论中达到自在，是当前生命科学研究中的重要工作。而这一工作，也只有人类社会发展到今天，在具备了可供反思的人类学、社会学、政治学、生理学、医学及科学学等成熟的具有外在价值的理论和实践的基础上，人类的认识在确立了价值主体并证明其是唯一最高的价值时才有可能完成。
